Осевые органы – это хорда, нервная и кишечная трубки. Независимо от вида животного, те клетки, которые мигрируют через область дорсальной губы бластопора, в дальнейшем преобразуются в хорду, а через область латеральных (боковых) губ бластопора в третий зародышевый листок – мезодерму. У высших хордовых животных (птицы и млекопитающие) вследствие иммиграции клеток зародышевого щитка, бластопор в ходе гаструляции не формируется. Клетки, мигрировавшие через дорсальную губу бластопора формируют хорду – плотный клеточный тяж, расположенный по средней линии зародыша между экто- и энтодермой. Под ее влиянием в наружном зародышевом листке начинает формироваться нервная трубка и только в последнюю очередь энтодерма образует кишечную трубку.
Формирование нервной трубки непосредственно связано с нейруляцией – закладкой центральной нервной системы. Нейруляция очень важный и интересный период в развитии зародыша не только потому, что происходит закладка сложнейшей системы, но и вследствие того, что при формировании нервной трубки отмечается теснейшее взаимодействие между прилегающими друг к другу структурами: эктодермой, хордой и мезодермой.
Следует подчеркнуть, что одно из главных последствий морфогенетических перемещений состоит в том, что группы клеток, которые прежде могли быть значительно удалены друг от друга настолько сближаются, что между ними становятся возможными взаимодействия, которые носят название индукционных. Нейруляция, в частности, формирование нервной трубки, является результатом таких индукционных воздействий.
На указанном этапе развития у животных реализуется общий план строения организма и только затем начинается окончательная дифференцировка тканей, органов и систем. В основе перемещения клеточных пластов, обеспечивающих процесс гаструляции, лежат различные морфогенетические движения и процессы. Увеличение числа клеток посредством делений. Особенно актуально при эпиболии, когда обеспечивается низкий темп деления на вегетативном полюсе и высокая скорость дробления на анимальном полюсе. При инвагинации также отмечается локальное усиление митотической активности в области бластопора. Растяжение поверхностных клеток эктодермы Перестройка многослойной стенки крыши бластулы приводит к началу эпиболии.